A la fin de la consultation ou de la visite, le médecin va, dans le cas le plus fréquent, formuler ses prescriptions (conseils, explorations, traitements) par une ordonnance qui engage sa responsabilité. Aussi sa délivrance doit-elle être accompagnée par des explications claires et précises, nécessaires au patient et à son entourage pour une bonne observation du traitement (observance).
L'ordonnance doit porter le nom du médecin, son adresse professionnelle, son numéro de téléphone (utile au pharmacien éventuellement) et sa signature manuscrite. Elle doit être datée du jour de sa rédaction et écrite de façon lisible afin d'éviter toute méprise sur le nom du médicament, sur les doses, sur le mode d'administration, sur la durée du traitement. Il peut être utile pour le pharmacien, surtout lorsqu'il s'agit d'un enfant, que le poids soit noté sur l'ordonnance. En outre pour toute prescription de substances vénéneuses, l'ordonnance doit indiquer les nom, prénom, âge et sexe du malade (art. R.5194 du code de la santé publique).
Si la prise de médicaments ne doit pas être interrompue brusquement ou sans avis médical, cela doit être bien précisé au patient et à son entourage et inscrit sur l'ordonnance.
Le médecin doit s'enquérir auprès du malade des traitements qu'il peut suivre par ailleurs afin d'éviter toute incompatibilité médicamenteuse. Il doit attirer l'attention du patient sur les risques d'autoprescription (par exemple la prise d'aspirine par un sujet soumis à un traitement anticoagulant) et l'inciter à lire la notice explicative se trouvant dans chaque boîte de médicament.
La prescription de produits stupéfiants doit se faire sur une feuille extraite d'un carnet à souches délivré par le conseil départemental de l'Ordre, de même que celle de certains produits (buprénorphine par exemple) soumis à une réglementation particulière (art. R. 5212 du code de la santé publique).
Le médecin doit s'assurer auprès de son malade et de son entourage que ses prescriptions ont été bien comprises. Certes la liberté du patient reste entière et le médecin ne peut l'obliger à suivre le traitement qu'il a prescrit ou les examens complémentaires qu'il a conseillés, mais il doit lui en montrer le bien-fondé pour le motiver à respecter une prescription faite dans son intérêt.