Les renseignements médicaux nominatifs ou indirectement nominatifs contenus dans les dossiers établis par ce médecin ne peuvent être communiqués ni aux personnes étrangères au service médical, ni à un autre organisme.
Le médecin contrôleur est comme tout médecin astreint au secret professionnel. Il ne doit pas divulguer à des tiers ce qu'il a appris sur les patients à l'occasion de ses contrôles. Il est tenu au secret vis-à-vis de son administration à laquelle il ne donnera que ses conclusions sans communiquer les données médicales qui ont dicté son avis.
C'est au prix d'une vigilance constante que les médecins-conseils des régimes d'assurance maladie de la sécurité sociale ont obtenu une séparation stricte entre le service médical et les services administratifs des caisses, préservant ainsi leur indépendance et le secret des informations médicales dont ils sont détenteurs. C'est grâce à cette disposition que des échanges de renseignements peuvent s'effectuer entre médecin-conseil et médecin traitant (art.50 ).
Les documents médicaux du médecin contrôleur sont
confidentiels et doivent être protégés contre toute
indiscrétion. Il appartient à l'organisme auquel le médecin
collabore de lui procurer les conditions matérielles nécessaires.